เหตุการณ์ในภาคนี้เกิดขึ้น มากกว่าหนึ่งทศวรรษ หลังจากการสู้รบครั้งแรกบนดวงดาว แพนดอร่า (Pandora) เจค ซัลลี (Jake Sully) (รับบทโดย Sam Worthington) อดีตนาวิกโยธินผู้กลายมาเป็นชาวนาวีอย่างถาวร ได้สร้างครอบครัวและใช้ชีวิตอย่างสงบสุขกับ เนย์ทีรี (Neytiri) (รับบทโดย Zoe Saldaña) และลูก ๆ ของพวกเขา

แต่แล้ว ความสงบสุขก็ถูกทำลายลงอย่างกะทันหัน เมื่อ เผ่าพันธุ์มนุษย์ หรือ "ชาวฟ้า" (Sky People) กลับมาบุกแพนดอร่าอีกครั้งในภารกิจตามล่าเจคโดยเฉพาะ โดยมี พันเอกไมล์ส ควอริตช์ (Colonel Miles Quaritch) (รับบทโดย Stephen Lang) ศัตรูเก่าที่กลับมาในรูปแบบของ อวตาร (Avatar)

เพื่อปกป้องครอบครัวและเผ่าพันธุ์ของเขา เจคต้องตัดสินใจ อพยพ ครอบครัวออกจากป่าและเดินทางข้ามแพนดอร่า ไปขอความช่วยเหลือและที่พักพิงจาก เผ่าเมตคายีน่า (Metkayina) ซึ่งเป็นเผ่านาวีที่อาศัยอยู่ตามแนวชายฝั่งมหาสมุทร พวกเขาถูกเรียกว่า "ผู้คนแห่งสายน้ำ"

ครอบครัวซัลลีต้องเรียนรู้ วิถีแห่งสายน้ำ อันเป็นเอกลักษณ์ ทั้งการดำน้ำ, การล่าสัตว์ใต้ทะเล, และการใช้ชีวิตร่วมกับสัตว์ทะเลท้องถิ่น เช่น ทัลคูน (Tulkun) สัตว์คล้ายวาฬที่มีความเฉลียวฉลาดสูง ซึ่งเป็นกุญแจสำคัญสู่การอยู่รอด การปรับตัวเข้ากับชีวิตใหม่เป็นเรื่องยากลำบาก แต่เมื่อการเผชิญหน้ากับควอริตช์และกองกำลังทหารมนุษย์มาถึง เจคและครอบครัวต้องยืนหยัดต่อสู้เพื่อปกป้องบ้านใหม่และ ความผูกพัน (Bond) ที่พวกเขามีต่อกัน