จากรั้วมหาวิทยาลัยสู่การเป็นหมากในเกมการเมืองของวอทท์! Gen V เล่าเรื่องราวของเหล่าวัยรุ่นพลังพิเศษในมหาวิทยาลัยกอดอลกิน (Godolkin University) ที่เริ่มต้นจากการแข่งขันเพื่อชิงตำแหน่งท็อปของโรงเรียน แต่กลับต้องไปพบกับความลับดำมืดของโครงการ "The Woods" คุกใต้ดินที่ทำการทดลองมนุษย์อย่างโหดเหี้ยม

ใน ซีซั่น 2 เรื่องราวยิ่งทวีความรุนแรงขึ้นหลังจากความพ่ายแพ้ในซีซั่นแรก เอ็มมา เมเยอร์ และ จอร์แดน ลี ต้องทนทุกข์จากการถูกกักขังในศูนย์เอลมิรา และการสูญเสียครั้งใหญ่ของอังเดร แอนเดอร์สัน ทั้งคู่ได้รับอนุญาตให้กลับมาเรียนในฐานะ “ผู้พิทักษ์” อีกครั้งด้วยแผนการของ เคต ดันแลป แต่ต้องแลกมาด้วยการเป็นเครื่องมือโฆษณาชวนเชื่อให้วอทท์ โดยการยอมโกหกและยืนยันเรื่องราวที่ โฮมแลนเดอร์ แต่งขึ้นเพื่อปกปิดความจริงใน The Woods

ขณะเดียวกัน มารี โมโร ที่หนีเอาตัวรอดออกมาได้ ต้องใช้ชีวิตอย่างหลบซ่อนท่ามกลางการตามล่าของ ไซเฟอร์ คณบดีคนใหม่ผู้กุมอำนาจมืด มารีพยายามตามหาน้องสาวแต่กลับต้องเผชิญหน้ากับกลุ่มแพทริออตส์และถูกบันทึกวิดีโอประจาน จนกระทั่งเธอได้รับความช่วยเหลือจาก แอนนี่ แจนยี (สตาร์ไลท์) ผู้ที่ดึงเธอเข้าสู่การสืบสวน "โครงการโอเดสซา" (Project Odessa) ภารกิจที่เดิมพันด้วยอิสรภาพของเหล่าซูเปอร์ฮีโร่รุ่นใหม่ในโลกที่ความยุติธรรมถูกบิดเบือน!